Il vous est demandé de rédiger un court rapport de TD en répondant aux différentes questions posées de manière concise et argumentée (éviter les copier-coller inutiles).

Pour cela, créer un nouveau document texte à l'aide de Text Edit ou autre, n'oubliez pas de mettre vos NOM, PRENOM, GROUPE et DATE en entête du document créé. Vous soumettrez le rapport obligatoirement à la fin du TD, même si vous n'avez pas répondu à l'ensemble des questions. Introduction au virus grippal
Le TD a pour objectif une première découverte des différentes bases de données couramment utilisées par les chercheurs et d’outils bioinformatiques simples pour l’analyse des séquences.

Pour commencer, vous allez rechercher des informations sur la structure du virus grippal en vous aidant d’internet afin de mieux comprendre comment est composé le virus de la grippe.

Pour vous aider vous pouvez consulter sur internet un moteur de recherche, Google scholar, Wikipédia ou autre ... 

QUESTIONS:
1. Comment est constitué le génome du virus de la grippe aviaire? De combien de segments?
2. Combien de protéines sont produites à partir ces segments? Indiquez la liste des protéines.
3. Quel sont les rôles de l'hémagglutinine et de la neuraminidase qui donnent leur nom au virus (ie HxNx)? Combien existe-t-il de type de virus différents? Combien de sous-types? Base de données PUBMED
PubMed est le principal moteur de recherche de données bibliographiques de l'ensemble des domaines de spécialisation de la biologie et de la médecine. Il a été développé par le National Center for Biotechnology Information (NCBI), et est hébergé par la Bibliothèque nationale de médecine américaine du National Institutes of Health. PubMed est un moteur de recherche gratuit donnant accès à la base de données bibliographique MEDLINE, rassemblant des citations et des résumés d'articles de recherche biomédicale. Nous allons maintenant utiliser PubMed pour rechercher certains articles en particulier; nous chercherons à répondre aux questions suivantes.

QUESTIONS:
4. Cherchez brièvement l'historique du virus H1N1. Quand a-t-il été identifié pour la première fois? Quel est le mécanisme d'action des antiviraux zanamivir (Relenza) pris par inhalation et oseltamivir (Tamiflu)? 

5. Quelle est la spécificité de transmission des souches de H1N1 aux humains/porc/oiseaux ?

6. En parcourant les titres des articles, est ce que vous avez une idée des mutations qui pourraient jouer un rôle dans la résistance?

Pour répondre à ces questions, allez sur la page de recherche de PubMed
Dans la barre de recherche, tapez "H1N1 oseltamivir resistance mutation" et lancez la recherche; combien d'article obtenez vous? Est ce que tous les articles contiennent ces termes dans le titre ?
Si vous voulez que certains de ces termes apparaissent explicitement dans le titre de l'article, séparez tous les termes par AND et faites suivre le terme que vous voulez par [title] (sans espace après chaque terme); relancez la recherche et regardez la différence avec la recherche précédente.

Essayez de cliquer sur certains titres pour avoir accès à l'abstract (qui est toujours disponible librement, contrairement au texte complet !) et qui correspond au résumé de l'article.

Base de données PDB
La Protein Data Bank ou PDB est une collection mondiale de données sur la structure tridimensionnelle (ou structure 3D) de macromolécules biologiques : protéines, essentiellement, et acides nucléiques. Ces structures sont essentiellement déterminées par cristallographie aux rayons X ou par spectroscopie RMN. Ces données expérimentales sont déposées dans la PDB par des biologistes et des biochimistes du monde entier et appartiennent au domaine public. Leur consultation est gratuite et peut se faire directement depuis les sites web de la banque à cette adresse : PDB. Rechercher dans la banque, la protéine portant le numéro 3CL0 (zéro à la fin). Une fois la fiche retrouvée, allez visualiser la structure de la protéine en 3D en cliquant à droite sur le bouton View in Jmol afin de charger de l’applet JAVA qui va servir à la visualisation (si vous avez des problème de visualisation en utilisant le navigateur Safari, utilisez Firefox).
Une fois la fenêtre chargée, vous pouvez cliquez sur la structure afin d’orienter à votre convenance la protéine. En zoomant, vous pouvez également grossir ou diminuer la taille de la structure. Faîtes varier les valeurs dans le menu display et observez les effets sur la protéine.

QUESTIONS:
7. A quel complexe correspond le numéro 3CL0 ? Combien y a-t-il de répétition dans le cristal?
8. Sur la page principale de description de la protéine 3CL0, quels sont les ligands qui ont été crystalisés avec la protéine ? Quel est le code identifiant correspondant à l’oseltamivir ?
9. Avec l’aide de l’outil Ligand Explorer recherchez quels acides aminés forment des liaisons hydrogène avec l’oseltamivir ? Base de données UNIPROT
UniProt (base de données universelle de protéines) est la plus grande des bases de données informatique pour les protéines de tous les organismes vivants et des virus. Elle fournit des informations sur la fonction des protéines, leur structure ainsi que des liens vers d'autres bases de données. Elle combine les données de Swiss-Prot, TrEMBL et Protein Information Resource (PIR) et est mise à jour régulièrement. Ses données reposent sur le serveur ExPASy de l'Institut suisse de bioinformatique. On recherche dans UniProt les protéines humaines ayant un rapport avec la grippe:
•  Rendez vous sur le site de Uniprot
•  Tapez "influenza A" dans la barre de recherche et lancer la recherché. On trouve alors des protéines grippales issues de différents génomes. Nous allons restreindre la recherche à l'homme. Pour celà, cliquez sur "browse by taxonomy" dans le haut de la page de résultat et explorer les différentes branches de l'arbre taxonomique jusqu'à trouver l'homme, et le nombre de protéines trouvées; cliquez sur ce nombre pour afficher la liste.
• Ouvrez les fiches et recherchez le terme "influenza" dans la fiche (Ctrl + F) pour comprendre le rapport avec la grippe. Identifiez en page 1/5, les protéines qui vous semblent impliquées dans la réponse immunitaire  contre le virus de la grippe.

QUESTIONS:
10. Indiquez la liste des protéines humaines trouvées (nom du gène et numéro d'accession Uniprot). Expliquez brièvement la différence entre les molécules HLA de classe I et de classe II? Base de données BIOGPS
Cette base de données permet entre autres choses de visualiser l'expression d'un gène dans différents tissus, afin de voir si c'est un gène exprimé partout ("ubiquitaire") ou spécifique d'un tissu.
Rendez vous sur le site de BioGPS, et indiquez dans le cadre de recherche la protéine humaine spécifique de la réponse anti-grippale HLA de classe I identifiée à l'exercice précédent (P01891 1A68_HUMAN --> HLA class I histocompatibility antigen, A-68 alpha chain), puis lancez la recherche.
Dans le résultat de la recherche, regardez dans quels tissus est exprimé le gène de manière prépondérante (valeur d’environ 3x la médiane).

QUESTIONS:
11. Quels sont les catégories de tissus dans lesquels le gène est fortement exprimé ? Interprétez ces résultats.

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